临床病理分型包括：
①腹膜型
②卵巢型（俗称巧克力囊肿）
③深部浸润型
④其它部位的子宫内膜异位症。
17%～44%的子宫内膜异位症患者表现为卵巢内异症囊肿。国际诊疗共识指出，对首次发现的卵巢异位囊肿直径≧4cm时，可考虑手术治疗，首选腹腔镜下囊肿剔除术。但手术后极易复发，复发率为6%～67%。术后2年复发率为21.5%，术后5年高达40%～50%。
1.卵巢异位囊肿手术对卵巢储备有不利影响
研究发现，手术后的卵巢相比正常卵巢，窦卵泡计数、IVF促排卵的优势卵泡数、和获卵数均明显减少。一项荟萃分析通过总结7个前瞻性研究的结果提示，腹腔镜下剔除卵巢内异囊肿后，患者的AMH水平在术后3～6个月显著下降。
尽管囊肿的存在一定程度上可能影响卵巢取卵和试管婴儿助孕中对促排卵药物的反应，但手术的不利影响高于囊肿本身，且这种影响在双侧卵巢异位囊肿剔除病例中尤其显著。
对于单侧发病患者，对侧正常的卵巢可能部分、甚至全部代偿性患侧卵巢术后的功能。然而双侧卵巢囊肿剔除术后的患者，不仅绝经年龄提前，且有出现卵巢功能低下的风险，IVF助孕更易出现卵巢反应不良和妊娠率降低。
对于复发的卵巢异位囊肿，首次手术后的纤维组织增生可能导致粘连更致密、创面难以识别，若再次手术在前次手术的瘢痕上进行，困难增加，很可能对卵巢组织造成进一步损伤。巧囊复发表明此类型内异症更富有侵袭性，长期存在于囊肿内的相关的游离铁、活性氧、蛋白水解酶及炎症因子等，对正常卵巢组织的破坏也可能更大，若再次手术无疑是“雪上加霜”。
2.卵巢异位囊肿的存在并不影响辅助生殖助孕结局
研究表明，卵巢异位囊肿是否合并深部浸润型子宫内异症，和卵巢储备能力两项，是影响ART助孕后妊娠率的独立因素。与单纯性输卵管因素不孕的患者相比，卵巢异位囊肿的存在并不影响IVF助孕结局；助孕前接受腹腔镜下囊肿剥除术也不会改善IVF助孕结局，但是手术会降低卵巢对促排卵的反应。
荟萃分析指出，无论是手术治疗( 囊肿剔除或穿刺)、药物治疗、手术或药物联合治疗，还是保守观察，均不影响试管婴儿的临床妊娠率。但是对于活产率目前较少有临床研究报道，且缺少设计严密、大规模的前瞻性临床对照研究。
3.不建议先行囊肿手术的原因还有
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本身卵巢储备下降，或年龄较大者宜尽早助孕；
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IVF可同时治疗多种合并存在的不孕不育问题；
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卵巢手术者的经验及手术技巧的差异大；
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手术后需要较长时间恢复才能妊娠，对迫切想要怀孕的患者心理是不小的负担；
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手术费用、手术本身风险及各种并发症等。
总之，无论选择先行卵巢囊肿手术还是直接助孕，均需与患者充分沟通，告知各种相关风险。?对于复发卵巢异位囊肿的不孕患者，不建议再次手术，辅助生殖技术助孕是最佳选择。
?对于首次发现的卵巢异位囊肿，手术不是常规要求，需要综合考虑患者的年龄，卵巢的功能现状，生育的迫切性，合并的其它不孕因素等，进行个体化治疗。
